专利实施许可合同纠纷的处理方式有：调解、仲裁和诉讼。专利合同纠纷主要是指在专利申请权转让或者专利权转让合同、专利技术实施许可合同、专利技术中介服务合同中各方当事人就权利义务的履行和合同条款的解释等方面发生的争议。
【法律依据】
《民事诉讼法》第九十六条
调解达成协议，必须双方自愿，不得强迫。调解协议的内容不得违反法律规定。
第一百一十九条
起诉必须符合下列条件：
（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；
（二）有明确的被告；
（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；
（四）属于人民受理民事诉讼的范围和受诉人民管辖。
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