缺少相关证件但产权清晰没有争议的租房合同有效，反之无效。缺少相关证件的房屋属于法律法规禁止出租的房屋，未经过登记备案，租赁主体不合法，出租人就未经批准或者未按照批准内容建设的建筑与承租人订立的租赁合同无效。
【法律依据】
《商品房屋租赁管理办法》第六条
有下列情形之一的房屋不得出租：
（一）属于违法建筑的；
（二）不符合安全、防灾等工程建设强制性标准的；
（三）违反规定改变房屋使用性质的；
（四）法律、法规规定禁止出租的其他情形。
《民法典》第一百五十三条
违反法律、行规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。违背公序良俗的民事法律行为无效。
